在大自然中有一些和黃水晶很像的寶石，人工可以做出很真的假黃水晶，白水晶可以染色成黃水晶，既然這些都不是真正的黃水晶，那就肯定有一些黃水晶的獨特地方是它們所不具備的，因此可以做為黃水晶的鑒別的標準辦法。

輻照或染色處理過的黃水晶的鑒別：染色黃水晶晶體表面有明顯的裂紋，顏色全部集中在裂隙中，用放大鏡就很容易識別。

黃水晶與仿黃水晶的鑒別：假的黃水晶一般是玻璃，玻璃內部可有少量的氣泡，最簡單的檢查辦法是將仿黃水晶置于有字或線條的紙上，轉動它觀察下邊的字或線條。由于玻璃是均質體，所以在玻璃的轉動過程中，只觀察到字或線的單影，而水晶是非均質體，當轉動水晶觀察時，可以看到字或線的雙影。

黃色托帕石與黃水晶的鑒別：黃水晶光澤稍淡，重量稍輕(托帕石密度為3.53g/m3，而黃晶為2.66g/m3)，且黃水晶無解理(解理是指寶石晶體在外力作用下，沿一定的結晶學方向裂開成光滑平面的性質)。