在債券市場中，儲蓄國債電子式和憑證式國債的申購手續不同、債券記錄方式不同、付息方式不同、發行對象不同、承辦機構不同。

申購手續不同：

儲蓄國債電子式需開立國債賬戶并指定對應的資金賬戶后購買。而憑證式國債可以不開設賬戶直接用現金購買。

債券記錄方式不同：

儲蓄國債電子式的記賬方式為電子記賬，由各承辦銀行總行和中央國債登記結算有限責任公司統一管理。而憑證式國債的記賬方式為中華人民共和國憑證式國債收款憑證，由承銷銀行和投資者進行管理。

付息方式不同：

儲蓄國債電子式的付息方式有按年付息品種，也有利隨本清品種方式。而憑證式國債為到期一次還本付息。

發行對象不同：

儲蓄國債電子式發行對象僅限個人，機構不允許購買或者持有。而憑證式國債的發行對象可以是個人，也可以是機構。

承辦機構不同：

儲蓄國債電子式的承辦機構是由經財政部會同中國人民銀行確認代銷試點資格的商業銀行且已經開通相應系統的營業網點承辦銷售。而憑證式國債由各類商業銀行和郵政儲蓄機構組成的憑證式國債承銷團成員的營業網點承辦銷售。