水晶的種類相當多，約可分成顯晶組與隱晶組兩大類：

顯晶組

很明顯用肉眼就可看得到的六角結晶形狀

白水晶--有助于心靈平靜及記憶

紫水晶--安神鎮定，開啟智慧

黃水晶--開運、帶財、幫助事業

茶晶煙水晶（墨晶）--穩定情緒

粉晶（芙蓉晶--善人際關系、愛情、增加人緣

發晶--行氣活血

綠幽靈水晶--主正財、幫助事業，又主精神層面，有益於開放心靈

白幽靈水晶--改善體質、強身、使頭腦清明

乳白水晶--改善人際關系

晶簇--可用來作水晶的消磁及補充能量

晶洞--聚氣、吸收負能量、水晶消磁

碧璽--疏通血氣，治療風濕及關節炎

東菱石--增強體質

貓眼石--增強記憶

虎眼石--激發勇氣，帶來信心

隱晶組

肉眼無法見到六角結晶形狀者。隱晶組同樣有六方晶系的結晶，只是結晶的形狀非常小，需用顯微鏡才能看得清楚，但它也是水晶家族的一份子。

隱晶組最多的是瑪瑙，不論任何顏色的瑪瑙，他的能量特性是沉厚、安定。所以，可以幫助個人平服情緒。「瑪瑙」更是佛教的七寶石之一，可用以辟邪。

另外就是石髓及碧玉，石髓有各種的顏色，白、黑、青、褐、灰、紅、綠等等，質地細致，有的半透明也有全透明的。

蛋白石，也是隱晶組的家族成員，好的蛋白石價值也是相當高的。

特別組

有些水晶生長在一些比較特別的地質條件所以與其他水晶產生明顯的不同，因與其他水晶有頗大的差異，所以歸為特別組，比如有復合顏色的紫黃晶、結晶很特殊復雜的鱷魚水晶（也稱骨干水晶），還有壯偉的權杖水晶以及水晶里面含有各種迷離幻境的幻影水晶等等。