支付寶用戶可以按照以下流程在支付寶上繳納農村合作醫療保險：

1、打開支付寶，在首頁點擊【城市服務】；

2、點擊【社保】——【自然人繳納社保費】；

3、如果是使用自己的支付寶賬號繳納，那么直接點擊確定即可，如果是替他人繳納，則先勾選“是否代繳”，并輸入代繳人的姓名和***號碼，再點擊確定；

4、勾選“城鄉居民基本醫療保險”，并點擊確定；

5、點擊【繳費】并付款即可。

最后要提醒一下大家的是，支付寶只對部分城市開放了這一繳費功能，還未向所有的城市開放這一繳費功能，所以如果在支付寶上沒有找到繳費入口的話，就代表著支付寶暫時還沒有在這一城市開放繳費功能。